不動産を売却したときに利益があれば、その利益に対して20%(厳密には20.315%)の税金がかかります。
これは、不動産の場合には、一律20%なので高いと思う方も多いですが、どちらかという政策的配慮により、過剰に税金が高くなりすぎないようにするための配慮であったりします。
※話がややこしくなるので復興特別所得税はないものとして書いています。

超過累進税率
所得税というものは、超過累進税率といって所得が高くなればなるほど、税率も上がる仕組みです。
一番最低ラインの5%から始まり、一番高くなると45%まで上がる仕組みになっています。
ちなみに、通常の会社員の場合には5%、10%で収まっているケースが非常に多いです。
税金自体、収入に対してかかるのではなく、収入からある程度引いた金額(74〜195万円)が税金の対象です。それに加えて、基礎控除や社会保険料控除といった控除があるため、収入に対する実効税率は非常に引くくなります。
また、毎月少しずつ天引きされることもあって少なく感じる方が多いのではないかと思います。
とはいえ、少なくとも5%かかっているのは間違えありませんし、それに加えて10%の住民税があります。
つまり、15〜55%というのが、通常の税率だったりします。
不動産や株の税率は20%におさえられている
一方で、不動産の売却した際の利益にかかる税率は、20%(所得税15%、住民税5%)と一律です。
ちなみに高いと言われるこの税率ですが、給与などに課される最低税率が15%なので、実は5%ほどの差でしかありません。
そして、なぜこのような税率が一律なのには理由があります。通常のように超過累進税率にしてしまうと、あっという間に税率が上がってしまうからです。
不動産を売却した際に計算される利益は、それなりに大きくなるケースもあります。特に、先祖代々の不動産であったり、買った値段がわからなかったりすると、利益は非常に大きくなってしまいます。
仮に売却益が2000万円であれば、税率は高いところで50%(所得税40%、住民税10%)となってしまいます。この際の税金は、約720万円で実効税率は36%と非常に高くなってしまいます(実際には一律20%なので、400万円)。
他の所得がない前提だと427.5万円をこえると、一律20%のほうが有利になってしまうのです。
それに加えて、数年来値上がりしたモノを売った年にまとめて課税することになるので、それに超過累進税率を使って高い税率で課税するのも酷だからという理由もあるかと思います。不動産の場合、税率が上がるからと、少しずつ売却とか不可能ですからね。
20%という数字はけっして安いものではないですが、特別に高いものでなく、どちらかというと、納税額が膨らみすぎないためのものだったりするのです。
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