税務調査では、事前準備→実地調査→講評といった形で進んでいきます。
大まかな流れについて、まとめてみました。
事前準備
まず、税務調査で税務調査官が確認書類を探しましょう。
過去３年分であっても、クローゼットや倉庫の奥の方にしまってある
と思われますので、早めに探しておきましょう。
必要な書類の主なものは、以下の通りです。
・確定申告書、決算書
・総勘定元帳（会計ソフトで作成した勘定科目ごとの明細）
・売上の資料（請求書控え、領収書控え）
・経費の資料（請求書、領収書）
・従業員がいれば人件費の資料（源泉徴収簿など）
パソコンで保管されてる資料があれば、提示を求められたら、
速やかに提示できるようにしておきましょう。
万が一、紛失しているものがあったら、早めに再発行しておきましょう。
（金額の大きいものは特に。）
実地調査当日
調査当日は、おおむね10：00～16：00で行われます。
途中1時間の休憩（税務調査官は席を外します）があります。
初日の1時間程度は、納税者と税務調査官との面談があります。
雑談から始まり(どのような生活をしているか 趣味は何かなど)、
その後、事業についての尋ねられます。
・どのような事業を行っているか
・注文はどのようにくるのか、その後どのような流れで進んでいくのか
・経費はどういったものがあるか
などです。
その後、帳簿（総勘定元帳）と原始資料（請求書、領収書）をもとに、
適正な経理が行われているかのチェックされます。
時折、経理処理について質問されることがあります。
最後の1時間は、税務調査のおおまかな回答があります。
・明らかに間違っているので、修正しなければならないもの
・間違っているが、次回から訂正してほしいもの（今回まではとりあえずOK）
・資料が不足しているので後日提出してほしいもの
（領収書で内容が確認できなかったので、請求書や写真などを取り寄せてほしいなど）
などが伝えられ、実地調査は終了となります。
終わり方
その後、税務署は持ち帰った資料を基に、内部でのやりとりがおこなわれます。
・どこを修正してもらうか
・納税者の主張をどこまで認めるか
といったところでしょうか。
また、実地調査で確認できなかったところや、不足資料のやり取りが、
郵送や電話により行われます。
最終的には、税務署より説明があり、
申告自体に問題がなければ、申告是認となり、特に追加納税もなく終了します。
誤りがある場合、誤ってると思われるのでできれば訂正してほしい場合には、
その点を指摘されて、こちら側も納得できれば、
修正申告書を提出したうえで、追加納税すれば終了となります。
（ほとんどの場合はここで終わります。）
万が一、税務署の指摘に納得できない場合は、
税務署より更正処分（税務署から税額を決定される）があり、
それでも納得いかなければ、
税務署長に異議申し立て→国税不服審判所への審査請求→税務訴訟
と、続きます。
