消費税を原則課税で計算している場合で、ETCを利用して高速料金を払う場合には、クレジットカードの明細だけでは、インボイスとしての要件を満たしていないため、通常は、消費税を引くことができなくなります。
ただし、ETCに関しては、事務作業を軽減するための特例措置ができました。
ETCは３万円未満の交通費の特例の対象外
払った消費税を計算する場合に、３万円未満の公共交通機関であればインボイス（領収書など）が不要になる制度があります。
ただし、３万円未満の交通費でインボイスが不要となるのは、電車・バス・船といったものだけであり、ETCの場合には３万円未満の交通費の特例は使えません。
そのため、原則インボイス（領収書）などが必要になります。
ところが、ETCの場合には、原則領収書は発行されません。
そのため、このような例外ルールがあります。
ETCの例外ルール
ETCの利用であれば、インボイス開始後のどこか１回、各会社ごとに利用明細書を保存しておけば、
クレジットカードの利用明細（高速利用の内容がわかる場合）のみで、インボイスの要件を満たすことになりました。
クレジットカードの利用明細は、ETC利用照会サービスを利用することによって入手することができます。
ETC利用照会サービスは、過去のETCの利用実績が確認できます。
ただし登録が必要で、その際には
・ETCのカード番号
・メールアドレス
・車両番号（ナンバー）
・ETC車載器の管理番号
が必要になります。
ETC利用照会サービス登録後、ログインすると利用実績が確認できます。
利用証明書をログインするには、証明書PDFをクリックすると出てきます。
（まだ、インボイス対応に反映されていません）
ただし、実際ETCで通行料を支払ってから、インボイス形式に反映されるまで数週間かかるようです。
１万円未満のインボイス不要は使える
上記の緩和策があるとはいえ、手間がかかります。
それ以外にも、インボイス制度の緩和措置として、
・基準期間（２年前）の売上高が１億円以下
・特定期間（前年の最初の６カ月間）の売上高が5,000万円以下
のどちらかに該当すれば、１万円未満であればインボイスが不要になります。
１万円未満であれば、東北方面（普通車）であれば、東京（川口JCT）から水沢（岩手県 盛岡の70km手前 450km）まで行くことができます（9,760円）。
運送業者でなければ、ほぼインボイス不要制度で対応できるかと思われます。
もちろん、売上の要件に該当する必要もありますが。
